El Presidente o Presidenta es elegido el primer jueves del mes de diciembre, cada dos años y en votación secreta por los Jueces Superiores Titulares de la respectiva Corte, los cuales se reúnen en sesión de Sala Plena.
Para el periodo 2023 - 2024, la Presidencia de la Corte Superior de Cajamarca estará a cargo del Juez Superior Titular Percy Horna León.