El CIJ fue creado mediante Decreto Ley N° 22422 (fecha de publicación 17 de Enero de 1979), en reemplazo de la Comisión de Reforma Judicial constituida por Decreto Ley N° 21307 (12 de Noviembre de 1975). La normatividad antes referida sustenta la presencia del CIJ en el sentido de que la reforma judicial es un proceso permanente y está gobernado por un Consejo de Gobierno. Siendo finalidad del CIJ, entre otras, encargarse en forma permanente de la investigación y estudio de la realidad socio-jurídica del país, y de la problemática judicial, proponer los planes de reforma y las medidas conducentes al mejoramiento y desarrollo de la administración de justicia.

El CIJ inicia sus actividades dentro del período de reforma militar de la judicatura y continúa en la década de los 80 con el retorno de la democracia.